气动打标机的运行是靠计算机系统及控制器来控制，通过计算机软件对需要打标的内容进行编辑后，将标记信息发送到控制器，然后再由控制器发出打标指令，打标针进行标记运动。

一个完整的气动打标过程可以分为三个步骤：

1、针头的运动：将待打工件放置到标记位置，启动打标机，控制器会发出打标指令，使打标针在步进电机的驱动下沿着标记字符轨迹进行运动；

2、打点：在标记轨迹的线条上，打标针移动到需要的位置，控制打标针运作的电磁阀打开，打标针在驱动气压的作用下冲击工件表面打下点，然后将电磁阀关闭，打标针从工件表面抬起，缩回针套内，然后迅速移动下一个坐标处重复以上的运作，起到形成连续的点，组成预设的标记字符图样；

3、复位：整个工件的打标完成后，打标针将自动复位到初始位置，等待下一个打标指令，重新做以上打标步骤。